Поиск по сайту:

Как настроить R в Ubuntu 14.04

Введение

R — популярный язык программирования с открытым исходным кодом, специализирующийся на статистических вычислениях и графике. Он широко используется статистиками для разработки статистического программного обеспечения и проведения анализа данных. Одной из сильных сторон R является то, что его легко и просто расширять, позволяя пользователям создавать и отправлять свои собственные пакеты. Известно, что сообщество R очень активно и постоянно добавляет пользовательские статистические пакеты для определенных областей исследования, что делает R применимым ко многим областям исследования.

Комплексная сеть архивов R (зеркало RStudio.

В этом руководстве мы узнаем, как настроить R на дроплете DigitalOcean под управлением Ubuntu 14.04. Если ваша капля работает под управлением другой операционной системы, большинство инструкций по-прежнему будут применяться, но вам может потребоваться изменить некоторые команды. Следование этому руководству для завершения должно занять около 10-15 минут.

Предпосылки

Для этого урока вам понадобятся:

  • Дроплет Ubuntu 14.04 с оперативной памятью не менее 1 ГБ. Все команды в этом руководстве должны выполняться от имени пользователя без полномочий root. Если для команды требуется root-доступ, ей будет предшествовать sudo. Начальная настройка сервера с Ubuntu 14.04 объясняет, как добавить пользователей и предоставить им доступ sudo.

Шаг 1 — Настройка APT

Чтобы установить R, мы будем использовать инструмент APT (Advanced Packaging Tool). Он использует специальный файл, в котором перечислены источники, из которых следует загружать пакеты. Этот файл называется /etc/apt/sources.list. Чтобы получить самую последнюю версию R, нам нужно добавить правильный репозиторий в список источников, добавив строку в исходный файл. Точная строка, которую вам нужно добавить, зависит от конкретной версии Ubuntu. Для Ubuntu 14.04 выполните следующую команду, чтобы добавить правильный репозиторий в /etc/apt/sources.list.

  1. sudo sh -c 'echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" >> /etc/apt/sources.list'

Если вы используете другую версию Ubuntu, обратитесь к этому документу, чтобы узнать, какой репозиторий нужно добавить.

Чтобы аутентифицировать пакеты, загруженные с помощью APT, мы должны добавить открытый ключ. Архивы Ubuntu в CRAN подписаны ключом с идентификатором E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9. Добавьте этот ключ в свою систему.

  1. gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

Далее нам нужно добавить ключ в apt.

  1. gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

Шаг 2 — Установка R

Теперь, когда APT настроен правильно, мы готовы использовать его для установки R.

Во-первых, нам нужно обновить список доступных пакетов, так как мы обновили список источников.

  1. sudo apt-get update

Теперь мы можем установить R. Мы используем флаг -y, чтобы автоматически ответить Да на вопрос, уверены ли мы, что хотим загрузить пакет.

  1. sudo apt-get -y install r-base

На этом этапе у вас должна быть установлена последняя версия R на вашем дроплете. Вы можете проверить это, запустив команду R.

  1. R

Вы должны увидеть вывод, подобный следующему.

R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

Теперь вы находитесь внутри интерактивной оболочки R и можете запускать произвольные команды R.

Выйдите из R и вернитесь в свою каплю с помощью функции q():

  1. q(save = "no")

Шаг 3 — Установка пакетов R из CRAN

Теперь, когда R установлен в вашей дроплете, любой пользователь в дроплете может использовать R. Когда R установлен, он автоматически устанавливает ряд пакетов по умолчанию, но для того, чтобы сделать что-то действительно значимое в R, вам, вероятно, потребуется установить дополнительные пакеты. . Важно иметь не менее 1 ГБ оперативной памяти для установки многих пакетов.

Как упоминалось ранее, CRAN содержит не только сам R, но и множество пакетов R. Чтобы установить новые пакеты R, размещенные в CRAN, или обновить существующие, используйте функцию install.packages() в R. Если вы хотите установить пакет somepackage , вы должны открыть R и запустить следующую команду R.

# This is an example, do not run this
install.packages("somepackage")

Однако любой пакет, установленный определенным пользователем в R, по умолчанию будет доступен только этому пользователю. Например, если пользователь sammy устанавливает somepackage, пользователь jessie не сможет использовать somepackage, пока не установит его.

Можно установить пакет R таким образом, чтобы сделать его доступным для всех пользователей в дроплете, установив его как root. В качестве примера давайте установим пакет shiny — очень популярный пакет, используемый для создания веб-приложений из кода R. Один из способов установить пакет от имени пользователя root — войти в систему как пользователь root, запустить R и выполнить команду install.packages(). Однако рекомендуется не входить в систему как root, поэтому вместо этого мы можем просто запустить команду R как root. Мы также укажем параметр repos, чтобы пакет загружался из репозитория RStudio CRAN, того же, который мы использовали при загрузке самого R.

  1. sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""

При установке пакета таким образом, а не при открытии R и выполнении команды install.packages(), пакет shiny становится доступным для всех пользователей в дроплете.

Давайте проверим правильность установки shiny, попробовав загрузить его. Начать сеанс R.

  1. R

В R попробуйте загрузить пакет shiny.

  1. library(shiny)

Выполнение предыдущей команды не должно привести к ошибкам. Теперь брось Р.

  1. q(save = "no")

Шаг 4 — Установка пакета devtools

Хотя многие пакеты R размещены в CRAN и могут быть установлены с помощью встроенной функции install.packages(), есть еще много пакетов, размещенных на GitHub, но не в CRAN. Чтобы установить пакеты R из GitHub, нам нужно использовать пакет R devtools, поэтому давайте установим его.

Пакет devtools R требует, чтобы в дроплете были установлены три системных пакета, а именно libcurl4-gnutls-dev, libxml2-dev и libssl-devc. Установите эти три пакета:

  1. sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

Теперь можно установить пакет R devtools. Помните, что мы хотим установить его с помощью того же метода, который описан выше, а не в рамках сеанса R, потому что devtools должен быть доступен всем пользователям.

  1. sudo su - -c "R -e \"install.packages('devtools', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

Приведенная выше команда для установки devtools может занять несколько минут.

Шаг 5 — Установка пакетов R с GitHub

Теперь, когда у нас установлен devtools, мы можем установить любой пакет R из GitHub, используя функцию install_github(). Как и в случае с пакетами CRAN, при установке пакетов GitHub вам необходимо запустить команду из системной оболочки, чтобы сделать пакет доступным для всех пользователей. Давайте попробуем установить пакет GitHub shinyjs, который добавляет функциональность пакету shiny. Пакет GitHub определяется его автором (daattali) и именем (shinyjs).

  1. sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\""

Давайте проверим правильность установки shinyjs, попробовав загрузить его. Начать сеанс R.

  1. R

В R попробуйте загрузить пакет shinyjs.

  1. library(shinyjs)

Выполнение предыдущей команды могло привести к некоторым сообщениям, но не к сообщениям об ошибках. Теперь брось Р.

  1. q(save = "no")

Следующие шаги

Теперь у вас есть работающая установка R на вашей капле.

Чтобы узнать больше о R, посетите страницу с пакетом swirl.

Для получения дополнительной информации о CRAN и о том, что он предлагает, посетите официальный сайт CRAN.

Чтобы получить лучший опыт написания кода R в вашей капле, вы можете установить сервер RStudio, используя этот учебник.

Если вы хотите разместить какой-либо свой код Shiny в своей капле, вы можете установить Shiny Server, используя этот учебник.

Заключение

В этом руководстве мы выполнили шаги, необходимые для настройки R в капле Ubuntu 14.04. Мы также узнали разницу между установкой пакетов R из GitHub и CRAN и как обеспечить доступность этих пакетов для всех пользователей в дроплете.