Как установить R на Ubuntu 16.04
Введение
R — популярный язык программирования с открытым исходным кодом, специализирующийся на статистических вычислениях и графике. Он широко используется для разработки статистического программного обеспечения и выполнения анализа данных. R легко расширяется, а сообщество известно тем, что постоянно добавляет пользовательские пакеты для определенных областей обучения, что делает его применимым во многих областях.
В этом руководстве мы установим R и покажем, как добавлять пакеты из официальной сети комплексных архивов R (CRAN).
Предпосылки
Чтобы продолжить, вам понадобится сервер Ubuntu 16.04 с:
- минимум 1 ГБ оперативной памяти
- пользователь без полномочий root с правами
sudo. Чтобы узнать, как это сделать, следуйте нашему руководству по первоначальной настройке сервера.
Когда эти предварительные условия выполнены, вы готовы начать.
Шаг 1 — Установка R
R — быстро развивающийся проект, а последняя стабильная версия не всегда доступна в репозиториях Ubuntu, поэтому мы начнем с добавления внешнего репозитория, поддерживаемого CRAN:
Примечание. CRAN поддерживает репозитории в своей сети, но не все внешние репозитории надежны. Обязательно устанавливайте только из надежных источников.
- sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
OutputE298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
gpg: requesting key E084DAB9 from hkp server keyserver.ubuntu.com
gpg: key E084DAB9: public key "Michael Rutter <marutter@gmail.com>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg: imported: 1 (RSA: 1)
Когда у нас есть доверенный ключ в базе данных каждого сервера, мы можем добавить репозиторий.
- sudo add-apt-repository 'deb [arch=amd64,i386] https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/'
После этого нам нужно запустить update, чтобы включить манифесты пакетов из нового репозитория:
- sudo apt-get update
Output. . .
Get:6 https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/ InRelease [3,590 B]
Get:7 https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages [31.5 kB]
. . .
Если приведенные выше строки появляются в выводе команды update, мы успешно добавили репозиторий. Мы можем быть уверены, что случайно не установим более старую версию.
Теперь мы готовы установить R:
- sudo apt-get install r-base
На момент написания этой статьи последней стабильной версией из CRAN была версия 3.3.1, которая отображается при запуске R. Поскольку мы планируем установить пример пакета для всех в системе, мы запустим R как root, чтобы библиотеки были доступны всем пользователям автоматически:
- sudo -i R
OutputR version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"
. . .
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
>
Это подтверждает, что мы успешно установили R и вошли в его интерактивную оболочку.
Шаг 2 — Установка пакетов R из CRAN
Частью силы R является обилие дополнительных пакетов. В демонстрационных целях мы установим txtplot, библиотеку, которая выводит графики ASCII, включая диаграмму рассеяния, линейный график, график плотности, acf и гистограммы:
- install.packages('txtplot')
В процессе установки вам будет предоставлен выбор зеркал для установки:
Output--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
HTTPS CRAN mirror
1: 0-Cloud [https] 2: Algeria [https]
3: Australia (Melbourne) [https] 4: Australia (Perth) [https]
5: Austria [https] 6: Belgium (Ghent) [https]
7: Brazil (SP 1) [https] 8: Bulgaria [https]
9: Canada (MB) [https] 10: Chile [https]
11: China (Beijing 4) [https] 12: Colombia (Cali) [https]
13: Czech Republic [https] 14: Denmark [https]
15: France (Lyon 1) [https] 16: France (Lyon 2) [https]
17: France (Marseille) [https] 18: France (Paris 2) [https]
19: Germany (Falkenstein) [https] 20: Germany (Münster) [https]
21: Iceland [https] 22: Ireland [https]
23: Italy (Padua) [https] 24: Japan (Tokyo) [https]
25: Malaysia [https] 26: Mexico (Mexico City) [https]
27: New Zealand [https] 28: Norway [https]
29: Philippines [https] 30: Russia (Moscow) [https]
31: Serbia [https] 32: Spain (A Coruña) [https]
33: Spain (Madrid) [https] 34: Switzerland [https]
35: Taiwan (Chungli) [https] 36: Turkey (Denizli) [https]
37: UK (Bristol) [https] 38: UK (Cambridge) [https]
39: UK (London 1) [https] 40: USA (CA 1) [https]
41: USA (IA) [https] 42: USA (KS) [https]
43: USA (MI 1) [https] 44: USA (TN) [https]
45: USA (TX) [https] 46: USA (WA) [https]
47: (HTTP mirrors)
Selection: 1
Мы ввели 1 для 0-Cloud, который соединит нас с сетью доставки контента (CDN), предоставляемой RStudio, чтобы получить географически ближайший вариант. Это зеркало будет использоваться по умолчанию до конца сеанса. После выхода из R и повторного входа вам будет предложено снова выбрать зеркало.
Примечание. Перед списком зеркал следующий вывод показал, где был установлен пакет.
OutputInstalling package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
. . .
Этот путь для всего сайта доступен, потому что мы запустили R от имени пользователя root, и это правильное место, чтобы сделать пакет доступным для всех пользователей.
Когда установка будет завершена, мы можем загрузить txtplot:
- library('txtplot')
Если сообщений об ошибках нет, библиотека успешно загружена. Давайте теперь посмотрим на это в действии на примере, который демонстрирует базовую функцию построения графика с метками осей. Пример данных, предоставленный пакетом datasets R, содержит скорость автомобилей и расстояние, необходимое для остановки, на основе данных 1920-х годов:
- txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = "speed", ylab = "distance")
Output
+----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
120 + * +
| |
d 100 + * +
i | * * |
s 80 + * * +
t | * * * * |
a 60 + * * * * * +
n | * * * * * |
c 40 + * * * * * * * +
e | * * * * * * * |
20 + * * * * * +
| * * * |
0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
5 10 15 20 25
speed
Если вам интересно узнать больше о txtplot, воспользуйтесь справкой(txtplot).
Любой предварительно скомпилированный пакет можно установить из CRAN с помощью install.packages(). Чтобы узнать больше о том, что доступно, вы можете найти список официальных пакетов, упорядоченных по имени или дате публикации по ссылке «Пакеты» на любом зеркале.
Заключение
Теперь, когда вы успешно установили R, вас может заинтересовать это руководство по установке непосредственно из GitHub, BitBucket или других мест, чтобы воспользоваться преимуществами самых последних разработок активного сообщества.