Как установить R на Ubuntu 18.04
Предыдущая версия этого руководства была написана Мелиссой Андерсон.
Введение
R — это язык программирования с открытым исходным кодом, который специализируется на статистических вычислениях и графике. Поддерживаемый R Foundation for Statistical Computing, он широко используется для разработки статистического программного обеспечения и выполнения анализа данных. R становится все более популярным и расширяемым языком с активным сообществом. Он предлагает множество пакетов, созданных пользователями, для конкретных областей обучения, что делает его применимым во многих областях.
В этом руководстве мы установим R и покажем, как добавлять пакеты из официальной сети комплексных архивов R (CRAN).
Предпосылки
Чтобы следовать этому руководству, вам понадобится сервер Ubuntu 18.04 с:
- не менее 1 ГБ ОЗУ
- пользователь без полномочий root с правами
sudo
Чтобы узнать, как выполнить эту настройку, следуйте нашему автоматизированному сценарию.
Когда эти предварительные условия выполнены, вы готовы начать.
Шаг 1 — Установка R
Поскольку R — быстроразвивающийся проект, последняя стабильная версия не всегда доступна в репозиториях Ubuntu, поэтому мы начнем с добавления внешнего репозитория, поддерживаемого CRAN.
Примечание. CRAN поддерживает репозитории в своей сети, но не все внешние репозитории надежны. Обязательно устанавливайте только из надежных источников.
Давайте сначала добавим соответствующий ключ GPG.
- sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
Когда мы запустим команду, мы получим следующий вывод:
OutputExecuting: /tmp/apt-key-gpghome.4BZzh1TALq/gpg.1.sh --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
gpg: key 51716619E084DAB9: public key "Michael Rutter <marutter@gmail.com>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg: imported: 1
Получив доверенный ключ, мы можем добавить репозиторий.
Обратите внимание: если вы не используете 18.04, вы можете найти соответствующий репозиторий в списке R Project Ubuntu, названном для каждого выпуска. Ubuntu 18.04 называется Bionic Beaver, а самая последняя версия R — 4.0, отсюда и соглашение об именах ubuntu bionic-cran40.
- sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/'
Среди отображаемых выходных данных вы должны найти строки, подобные следующим:
Output...
Get:4 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/ InRelease [3626 B]
...
Get:22 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/ Packages [20.4 kB]
...
Теперь нам нужно запустить update после этого, чтобы включить манифесты пакетов из нового репозитория.
- sudo apt update
Среди вывода должна быть строка, похожая на следующую:
Output...
Hit:1 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/ InRelease
...
Если приведенная выше строка появляется в выводе команды update, мы успешно добавили репозиторий. Мы можем быть уверены, что случайно не установим более старую версию.
На данный момент мы готовы установить R с помощью следующей команды.
- sudo apt install r-base
Если будет предложено подтвердить установку, нажмите y, чтобы продолжить.
На момент написания последняя стабильная версия R из CRAN — 4.0.1, которая отображается при запуске R.
Поскольку мы планируем установить пример пакета для каждого пользователя в системе, мы запустим R от имени пользователя root, чтобы библиотеки были автоматически доступны для всех пользователей. В качестве альтернативы, если вы запускаете команду R без sudo, для вашего пользователя можно настроить личную библиотеку.
- sudo -i R
Output
R version 4.0.0 (2020-04-24) -- "Arbor Day"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
>
Это подтверждает, что мы успешно установили R и вошли в его интерактивную оболочку.
Шаг 2 — Установка пакетов R из CRAN
Частью силы R является доступное изобилие дополнительных пакетов. В демонстрационных целях мы установим txtplot, библиотеку, которая выводит графики ASCII, включающие диаграмму рассеяния, линейный график, график плотности, acf и гистограммы:
- install.packages('txtplot')
Примечание. В следующем выводе показано, где будет установлен пакет.
Output...
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
. . .
Этот путь для всего сайта доступен, потому что мы запускали R от имени пользователя root. Это правильное расположение, чтобы сделать пакет доступным для всех пользователей.
Когда установка будет завершена, мы можем загрузить txtplot:
- library('txtplot')
Если сообщений об ошибках нет, библиотека успешно загружена. Давайте теперь применим это на примере, демонстрирующем базовую функцию построения графика с метками осей. Пример данных, предоставленный пакетом datasets R, содержит скорость автомобилей и расстояние, необходимое для остановки, на основе данных 1920-х годов:
- txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')
Output +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
120 + * +
| |
d 100 + * +
i | * * |
s 80 + * * +
t | * * * * |
a 60 + * * * * * +
n | * * * * * |
c 40 + * * * * * * * +
e | * * * * * * * |
20 + * * * * * +
| * * * |
0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
5 10 15 20 25
speed
Если вам интересно узнать больше о txtplot, используйте help(txtplot) в интерпретаторе R.
Любой предварительно скомпилированный пакет можно установить из CRAN с помощью install.packages(). Чтобы узнать больше о том, что доступно, вы можете найти список официальных пакетов, упорядоченных по имени, в списке Доступные пакеты CRAN по имени.
Чтобы выйти из R, вы можете ввести q(). Если вы не хотите сохранять изображение рабочей области, вы можете нажать n при появлении запроса.
Заключение
Если R успешно установлен на вашем сервере, вас может заинтересовать это руководство по серверу Shiny, чтобы преобразовать ваш код R в интерактивные веб-страницы.
Для получения дополнительной информации о том, как устанавливать пакеты R с помощью различных инструментов, вы можете прочитать о том, как установить непосредственно из GitHub, BitBucket или других мест. Это позволит вам воспользоваться самыми последними работами активного сообщества.