Поиск по сайту:

Как установить OpenMRS (открытая система медицинских записей) в Debian 11

На этой странице

  1. Предпосылки
  2. Установите Java 8
  3. Установите сервер MySQL 5.6.
  4. Установите Tomcat 7
  5. Создание служебного файла Systemd для Tomcat
  6. Установите OpenMRS
  7. Доступ к мастеру установки OpenMRS
  8. Заключение

OpenMRS расшифровывается как «Открытая система медицинских записей» и представляет собой бесплатную и эффективную систему хранения и поиска электронных медицинских карт (EMR) с открытым исходным кодом. Он используется для лечения миллионов больных ВИЧ/СПИДом и туберкулезом (ТБ) в развивающихся странах. Его основной целью является разработка программного обеспечения для оказания медицинской помощи в развивающихся странах. Он позволяет обмениваться данными пациентов с другими медицинскими информационными системами. Он написан на Java и предоставляет удобную веб-панель для управления электронными медицинскими записями через веб-браузер.

В этом посте мы покажем вам, как установить систему медицинских записей OpenMRS на Debian 11.

Предпосылки

  • Сервер под управлением Debian 11.
  • На сервере настроен пароль root.

Установить Java 8

OpenMRS — это приложение на основе Java, которое поддерживает только Java версии 8. Поэтому вам необходимо установить Java 8 на свой сервер. По умолчанию Java 8 не включена в стандартный репозиторий Debian 11. Поэтому вам нужно будет скачать и установить его с официального сайта.

Сначала создайте каталог для Java с помощью следующей команды:

mkdir -p /usr/lib/jvm/

Затем извлеките загруженный исходный файл Java с помощью следующей команды:

tar -zxvf jdk-8u281-linux-x64.tar.gz -C /usr/lib/jvm/

Затем установите Java 8 с помощью следующей команды:

update-alternatives --install /usr/bin/java java /usr/lib/jvm/jdk1.8.*/bin/java 1

После установки Java проверьте версию Java с помощью следующей команды:

java -version

Вы получите следующий вывод:

java version "1.8.0_281"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_281-b09)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.281-b09, mixed mode)

Установите сервер MySQL 5.6.

OpenMRS поддерживает только версию MySQL 5.6. По умолчанию MySQL 5.6 недоступен в репозитории по умолчанию Debian 11. Поэтому вам нужно будет установить его из источника.

Сначала создайте пользователя и группу для MySQL с помощью следующей команды:

groupadd mysql
useradd -g mysql mysql

Затем загрузите исходный код MySQL 5.6 с помощью следующей команды:

wget https://dev.mysql.com/get/Downloads/MySQL-5.6/mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64.tar.gz

После загрузки MySQL извлеките его с помощью следующей команды:

tar -xvf mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64.tar.gz

Затем переместите извлеченный каталог в /usr/local с помощью следующей команды:

mv mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64 /usr/local/mysql

Затем перейдите в каталог /usr/local и установите правильное право собственности с помощью следующей команды:

cd /usr/local/mysql
chown -R mysql:mysql *

Затем установите необходимые зависимости с помощью следующей команды:

apt-get install libaio1 libncurses5 libnuma-dev -y

Затем установите MySQL с помощью следующей команды:

scripts/mysql_install_db --user=mysql

Вы получите следующий вывод:

You can start the MySQL daemon with:

  cd . ; ./bin/mysqld_safe &

You can test the MySQL daemon with mysql-test-run.pl

  cd mysql-test ; perl mysql-test-run.pl

Please report any problems at http://bugs.mysql.com/

The latest information about MySQL is available on the web at

  http://www.mysql.com

Support MySQL by buying support/licenses at http://shop.mysql.com

New default config file was created as ./my.cnf and
will be used by default by the server when you start it.
You may edit this file to change server settings

Затем установите правильное право собственности на каталог MySQL и каталог данных:

chown -R root .
chown -R mysql data

Затем скопируйте файл конфигурации MySQL и файл службы:

cp support-files/my-default.cnf /etc/my.cnf
cp support-files/mysql.server /etc/init.d/mysql.server

Затем запустите службу MySQL в безопасном режиме:

bin/mysqld_safe --user=mysql &

Затем установите пароль root для MySQL с помощью следующей команды:

bin/mysqladmin -u root password newpassword

Затем создайте символическую ссылку на бинарный файл mysql, используя следующую команду:

ln -s /usr/local/mysql/bin/mysql /usr/local/bin/mysql

Наконец, перезапустите сервер с помощью следующей команды:

reboot

После перезагрузки системы запустите службу MySQL и включите ее запуск при перезагрузке системы:

/etc/init.d/mysql.server start
update-rc.d -f mysql.server defaults

Вы также можете проверить статус службы MySQL с помощью следующей команды:

/etc/init.d/mysql.server status

Вы получите следующий вывод:

? mysql.server.service - LSB: start and stop MySQL
     Loaded: loaded (/etc/init.d/mysql.server; generated)
     Active: active (running) since Fri 2022-03-25 14:35:35 UTC; 5s ago
       Docs: man:systemd-sysv-generator(8)
    Process: 415 ExecStart=/etc/init.d/mysql.server start (code=exited, status=0/SUCCESS)
      Tasks: 22 (limit: 4679)
     Memory: 460.5M
        CPU: 826ms
     CGroup: /system.slice/mysql.server.service
             ??422 /bin/sh /usr/local/mysql/bin/mysqld_safe --datadir=/usr/local/mysql/data --pid-file=/usr/local/mysql/data/debian11.pid
             ??530 /usr/local/mysql/bin/mysqld --basedir=/usr/local/mysql --datadir=/usr/local/mysql/data --plugin-dir=/usr/local/mysql/lib/p…

Mar 25 14:35:34 debian11 systemd[1]: Starting LSB: start and stop MySQL...
Mar 25 14:35:34 debian11 mysql.server[415]: Starting MySQL
Mar 25 14:35:35 debian11 mysql.server[415]: ..
Mar 25 14:35:35 debian11 systemd[1]: Started LSB: start and stop MySQL.

Как только вы закончите, вы можете перейти к следующему шагу.

Установите Томкэт 7

Далее вам нужно будет установить Tomcat для развертывания OpenMRS.

Сначала создайте пользователя и группу для Tomcat с помощью следующей команды:

groupadd tomcat
useradd -s /bin/false -g tomcat -d /opt/tomcat tomcat

Затем загрузите Tomcat 7 с помощью следующей команды:

wget https://archive.apache.org/dist/tomcat/tomcat-7/v7.0.109/bin/apache-tomcat-7.0.109.tar.gz

Затем создайте каталог для Tomcat и извлеките загруженный файл в каталог /opt/tomcat:

mkdir /opt/tomcat
tar -xvzf apache-tomcat-7.0.109.tar.gz -C /opt/tomcat/ --strip-components=1

Затем перейдите в каталог /opt/tomcat и установите соответствующие права доступа и права собственности:

cd /opt/tomcat
chgrp -R tomcat /opt/tomcat
chmod -R g+r conf
chmod g+x conf
chown -R tomcat webapps/ work/ temp/ logs/

Как только вы закончите, вы можете перейти к следующему шагу.

Создайте служебный файл Systemd для Tomcat

Далее вам нужно будет создать файл службы systemd для управления службой Tomcat. Вы можете создать его с помощью следующей команды:

nano /etc/systemd/system/tomcat.service

Добавьте следующие строки:

[Unit]
Description=Apache Tomcat Web Application Container
After=network.target
[Service]
Type=forking
Environment=JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_281
Environment=CATALINA_PID=/opt/tomcat/temp/tomcat.pid
Environment=CATALINA_HOME=/opt/tomcat
Environment=CATALINA_BASE=/opt/tomcat
Environment=’CATALINA_OPTS=-Xms512M -Xmx1024M -server -XX:+UseParallelGC’
ExecStart=/opt/tomcat/bin/startup.sh
ExecStop=/opt/tomcat/bin/shutdown.sh
User=tomcat
Group=tomcat
UMask=0007
RestartSec=10
Restart=always
[Install]
WantedBy=multi-user.target

Сохраните и закройте файл, затем перезагрузите демон systemd, чтобы применить изменения:

systemctl daemon-reload

Затем запустите службу Tomcat с помощью следующей команды:

systemctl start tomcat

Теперь вы можете проверить состояние службы Tomcat с помощью следующей команды:

systemctl status tomcat

Вы получите следующий вывод:

? tomcat.service - Apache Tomcat Web Application Container
     Loaded: loaded (/etc/systemd/system/tomcat.service; disabled; vendor preset: enabled)
     Active: active (running) since Fri 2022-03-25 14:38:45 UTC; 5s ago
    Process: 648 ExecStart=/opt/tomcat/bin/startup.sh (code=exited, status=0/SUCCESS)
   Main PID: 655 (java)
      Tasks: 28 (limit: 4679)
     Memory: 136.3M
        CPU: 4.124s
     CGroup: /system.slice/tomcat.service
             ??655 /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_281/bin/java -Djava.util.logging.config.file=/opt/tomcat/conf/logging.properties -Djava.util.logging>

Mar 25 14:38:45 debian11 systemd[1]: Starting Apache Tomcat Web Application Container...
Mar 25 14:38:45 debian11 startup.sh[648]: Tomcat started.
Mar 25 14:38:45 debian11 systemd[1]: Started Apache Tomcat Web Application Container.

В этот момент Tomcat запускается и прослушивает порт 8080.

Установить OpenMRS

Сначала создайте каталог для OpenMRS и установите правильную собственность с помощью следующей команды:

mkdir /var/lib/OpenMRS
chown -R tomcat:tomcat /var/lib/OpenMRS

Затем загрузите последнюю версию OpenMRS с помощью следующей команды:

wget https://sourceforge.net/projects/openmrs/files/releases/OpenMRS_Platform_2.5.0/openmrs.war

После завершения загрузки скопируйте загруженный файл в каталог веб-приложений Tomcat:

cp openmrs.war /opt/tomcat/webapps/

Затем измените владельца файла openmrs.war на tomcat:

chown -R tomcat:tomcat /opt/tomcat/webapps/openmrs.war

Как только вы закончите, вы можете перейти к следующему шагу.

Доступ к мастеру установки OpenMRS

Теперь откройте веб-браузер и войдите в мастер веб-установки OpenMRS, используя URL-адрес http://your-server-ip:8080/openmrs. Вы должны увидеть экран выбора языка OpenMRS:

Выберите свой язык и нажмите кнопку =>. Вы должны увидеть экран Тип установки.

Выберите нужный тип установки и нажмите кнопку =>. Вы должны увидеть следующий экран:

Укажите свой корневой пароль MySQL, запишите пароль администратора и нажмите кнопку =>. Вы должны увидеть следующий экран:

Нажмите кнопку =>, чтобы создать базу данных для OpenMRS и завершить установку.

Теперь откройте веб-браузер и войдите в интерфейс администратора OpenMRS, используя URL-адрес http://your-server-ip:8080/openmrs. Вы должны увидеть экран входа в систему OpenMRS:

Укажите имя пользователя по умолчанию как admin и пароль как Admin123, затем нажмите кнопку LOG IN. Вы должны увидеть панель инструментов OpenMRS на следующем экране:

Заключение

Поздравляем! вы успешно установили OpenMRS в Debian 11. Теперь вы можете легко хранить и управлять электронными медицинскими записями через веб-браузер. Не стесняйтесь спрашивать меня, если у вас есть какие-либо вопросы.