Поиск по сайту:

Интернет-подход к научным публикациям с открытым исходным кодом


В журнале eLife с открытым доступом представлены исполняемые исследовательские статьи, позволяющие авторам публиковать более прозрачные, интерактивные и воспроизводимые исследования.

Этим летом компания eLife была рада запустить исполняемые исследовательские статьи (ERA) в партнерстве со Stenila, что позволяет авторам публиковать воспроизводимые с помощью вычислений версии своих опубликованных статей в журнале с открытым доступом.

Стек технологий ERA с открытым исходным кодом обеспечивает по-настоящему веб-формат, который рассматривает живой интерактивный код как первоклассный актив. Он был разработан для решения текущих проблем, связанных с воспроизведением и повторным использованием опубликованных результатов — проблем, в основном вызванных отсутствием у издателей инфраструктуры, позволяющей продемонстрировать богатство и сложность вычислительных методов, используемых исследователями в своей работе.

В рамках своей миссии по преобразованию исследовательской коммуникации eLife инвестирует в инновации в области технологий с открытым исходным кодом, чтобы модернизировать инфраструктуру научных публикаций и улучшить онлайн-инструменты для обмена, использования и взаимодействия с новыми результатами. Организация начала работу над концепцией вычислительно воспроизводимых документов в 2017 году, сначала в партнерстве с Substance, а затем со Stencila, и объявила о ряде вех на пути к созданию ERA:

  • Сентябрь 2017 года ознаменовал нашу приверженность поддержке разработки открытого набора технологий для публикации воспроизводимых рукописей в Интернете.

  • В феврале 2019 года компания eLife продемонстрировала демо-версию своей первой статьи, воспроизводимой с помощью вычислений;

  • В мае 2019 года мы представили нашу дорожную карту по созданию открытой масштабируемой инфраструктуры для публикации статей, воспроизводимых с помощью вычислений;

  • Наконец, в августе 2020 года eLife и Stencila объявили о запуске ERA, предоставляя авторам более широкие возможности публиковать расширенные версии своих статей.

Лето 2020 года, конечно, было странным временем для всех из-за COVID-19. Но вместо того, чтобы помешать развитию ERA, пандемия подчеркнула важность сделать этот тип статей более доступным. В конце концов, чтобы разработать новые методы лечения COVID-19 и других заболеваний, ученым необходимо иметь возможность проверять и опираться на существующие данные. Фундаментальная идея ERA заключалась в том, чтобы помочь улучшить тиражирование и повторное использование новых результатов.

Что означает новая ЭРА для авторов и читателей?

Авторы eLife, опубликовавшие статью, теперь могут выразить свою заинтересованность в дополнении своих опубликованных работ живыми блоками кода, программно генерируемыми интерактивными рисунками и динамически генерируемыми встроенными значениями. Это предполагает использование знакомых инструментов, таких как R Markdown и Jupyter, в сочетании с интуитивно понятным интерфейсом управления ресурсами и преобразования форматов Stenila Hub. Полученная в результате новая публикация ERA будет затем представлена как дополнение к исходной опубликованной статье.

Читатели публикации ERA могут затем проверить ее код, изменить его и повторно выполнить непосредственно в своем браузере, что позволяет им лучше понять, как генерируется рисунок. Они могут изменить график из одного формата в другой, изменить диапазон данных конкретного анализа и многое другое. Все изменения ограничиваются сеансом просмотра отдельного пользователя и не влияют на опубликованную статью, поэтому каждый может безопасно экспериментировать. Читатели также могут загрузить публикацию ERA (с сохранением всего встроенного кода и данных) и использовать ее в качестве основы для дальнейшего изучения или производных работ.

Авторы eLife уже используют преимущества новой ERA: статьи опубликованы Тимом Эррингтоном, директором по исследованиям Центра открытой науки, США, и Мэтью Ноланом, профессором нейронных цепей и вычислений в университете. Эдинбурга, Великобритания. Читатели могут просмотреть ERA Эррингтона и ERA Нолана.

А как насчет других издателей и их пользователей?

Мы хотели бы подчеркнуть, что ERA не является эксклюзивной функцией eLife. eLife и Stenila разработали стек технологий ERA как программное обеспечение с открытым исходным кодом, чтобы побудить других издателей предлагать этот формат статей своим авторам. ERA разработан специально для предпечатной подготовки и публикации в журналах, имеет строгие стандарты XML, соответствие стандарту Schema.org и универсальное решение по темам, которое позволяет адаптировать его к визуальному стилю практически любой онлайн-публикации.

И, конечно же, природа ERA с открытым исходным кодом означает, что у других издателей и разработчиков есть возможности внести свой вклад в проект. Любой желающий может подписаться на обновления нашего сообщества ERA, чтобы получать последние новости и возможности внести свой вклад и/или изучить репозитории Stenila на GitHub. И если вы видите возможности для сотрудничества, мы приглашаем вас написать нам по электронной почте.

Статьи по данной тематике: